La función de los grupos protectores es aislar grupos funcionales específicos durante el proceso de síntesis, protegiéndolos de interferencias y eliminando los grupos protectores solo después de completar reacciones específicas para restaurar la actividad de la molécula objetivo. El proceso de eliminación de grupos protectores suele requerir condiciones suaves para evitar dañar la molécula objetivo. Por ejemplo, el método para eliminar ROH de alcoholes protegidos suele ser producir éteres (ROR') o ésteres (ROCOR'), y luego hidrolizarlos o acidificarlos en condiciones apropiadas.
En resumen, el papel de los grupos protectores en la síntesis de PNA es crucial, ya que garantiza una síntesis eficiente de moléculas complejas, evita reacciones no objetivo y puede eliminarse selectivamente cuando sea necesario para obtener productos de PNA purificados.